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玛瑙的种类繁多，可依据颜色，条带特点和包裹体来细化分类。
1玛瑙依据整体色调，按颜色主要分为红玛瑙，蓝玛瑙，紫玛瑙，绿玛瑙，白玛瑙，黑玛瑙等品种。
红玛瑙，指红颜色的玛瑙，红玛瑙分东红玛瑙，西红玛瑙，南红玛瑙以及战国红等。
东红玛瑙是指颜色不正，经过加热处理后的玛瑙，又称“烧色玛瑙”。料脆，颜色沉闷，缺乏清亮感，有火劫纹。
西红玛瑙是指天然的红色玛瑙。古代出土的玛瑙大多属西红玛瑙，主要自西方进贡给中国，也有称西周时期出现的红玛瑙，故名。颜色深红，透明度高。
南红玛瑙：颜色艳丽，润泽浑厚。产自中国西南部地区的一种以红色系颜色为主的玛瑙。
战国红玛瑙：红色为主，不同颜色玛瑙色层叠加在一起，变化多端，分界清晰。因形质，色彩及纹路与战国时期出土的红缟玛瑙相同，称为战国红玛瑙。战国红也是一种缟玛瑙。
紫玛瑙，属于玛瑙中比较罕见的颜色，多数呈单一的紫色，颜色有淡紫到深紫。优质的紫玛瑙色泽光亮。
蓝玛瑙：蓝色主要由含铜的硅孔雀石所致。蓝，灰蓝，紫蓝色并具有淡蓝色或白色纹带。蓝白色的条带界限十分明显。
绿玛瑙，主要由其中细分的绿泥石等绿色矿物致色。颜色多为浅绿，灰绿，褐绿，暗绿色，具有深浅不同的绿色条带。常夹杂着白色，黄色带条。绿玛瑙自然界较少，市场上的绿玛瑙多数为人工染色产物或绿玉髓的误称。
黑玛瑙：黑，黑灰色，褐黑色，其中常间杂白，灰白色条带。黑色主要由有机物质所致。
白玛瑙：白，灰白，草灰色。由颜色和透明度变化的条带状构造。价格低廉。
2按条带（纹理构造）分类:依据条带的不同,玛瑙主要有带状玛瑙、缟玛瑙、缠丝玛瑙等品种。
带状玛瑙：指具有较宽平行纹带的玛瑙。纹带通常为单色的不同深浅，或为两种颜色相间排列，多色者少见。根据颜色的不同，可细分为多个颜色品种。其中,漆黑色夹一条白色色带者称“合子玛瑙”。带状和缠丝经常在同一块玛瑙上出现。
缟玛瑙：指颜色相对简单，条纹清晰的玛瑙，也称条纹玛瑙。缟玛瑙常见黑、白或红、白条纹相间排布，分别可称黑白缟玛瑙和红白缟玛瑙。缟玛瑙瓷感强，透明度低。战国红就是一种红缟玛瑙。缟玛瑙中最名贵的是具不同深浅和透明度的红、肉红、砖红色纹带的红玛瑙。
缠丝玛瑙：纹带十分细窄的缟玛瑙。
3按包裹体（部分构造和质地）分类：依所含包裹体种类、形态以及由其导致的特殊光学效应，玛瑙主要有苔藓玛瑙，火玛瑙、虹彩玛瑙、水胆玛瑙等品种。
苔藓玛瑙：内含苔藓状、树枝状包裏体的玉髓称苔藓玛瑙，又称苔纹玛瑙、苔玛瑙。体色一般为白、灰白、淡灰蓝、黄色，半透明至亚透明，内含物多为绿、暗绿色绿泥石鳞片，阳起石纤维及黑、褐色铁锰氧化物树枝晶。其中内含物状如流水中飘逸水草的也称水草玛瑙，具显著铁锰氧化物树枝晶的又称柏枝玛瑙。
火玛瑙：含有丰富氧化铁内包含物，呈层状，层与层之间有薄层赤铁矿物质，当光照射时，产生薄膜干涉现象，出现五颜六色的晕彩。火玛瑙体色通常为橙黄或黄棕色，微透明至半透明。
虹彩玛瑙：指透射光下观察显示光谱色彩虹效应的细纹带玛瑙。这种玛瑙要有较好的透明度。体色白、浅灰白，纹带细微，加工成薄片。细纹带犹如衍射光栅对入射光衍射，从而产生虹彩效应。
风景玛瑙：又名城砦玛瑙。当玛瑙中的不同颜色、花纹以及不透明杂质等相互组合，形成了人物、动、植物图案或云海、日出、山水等画面时，就形成了“风景玛瑙”。
水胆玛瑙：内有含水或水溶液的封闭空洞的玛瑙称水胆玛瑙。作为珠宝应用的水胆玛瑙，其水胆应肉眼可见，不能只是晃动时汩汩有声而不可见，这就要求洞璧透明或半透明。
按包裹体分类还有曲蟮玛瑙以及比较罕见的云玛瑙，闪光玛瑙等。这些图片只在专业珠宝类书籍看到过，没看过实物，也找不到图片。在此略过。玛瑙还有其它的一些特殊品种：阿拉善玛瑙，雨花石，天珠等。
