影片的上一部讲述的这座名为“侏罗纪世界”的主题公园已被废弃多年,因为恐龙跑了出来,造成了严重的人员伤亡,于是侏罗纪公园因此倒闭,于是恐龙们所在的岛变成了无人岛,是恐龙们的家园。而在第二部中,已是在三年以后,这天晚上,一只潜水器穿行在漆黑的深海,在搜寻暴虐霸王龙遗骸时,终于完成任务松了口气,很快他们将样本从海面打捞上来,沧龙巨大的影子在闪电中若隐若现。这时一个工作人员紧张得看着四周,担心沧龙还活着,尽管另一个黑人说:“时间都过去这么久了,在这里的动物早已经死绝了。”
很快,倒霉的两个人领了便当,第三份便当很快也被一位耳朵不太好的程序员领去,他正在准备关闭沧龙大门,。然而霸王龙正在靠近他时,尽管地面会有强烈的震动,但他居然一点都没感觉到,尽管很快幸运爬上直升机的梯子,但最后还是被沧龙给吃掉了。因为程序员领了便当,还没来得及关闭闸门,沧龙得以逃出生天,就这么进入了外面的海域。
没多久,侏罗纪世界公园就要发生一次火山大爆发,公园的创始人找到了曾担当过侏罗纪世界公园的主管女主,希望她能出马把岛上的恐龙弄出来。一直对恐龙有感情的女主正苦于没有资源,不知道怎么能帮到恐龙时,听到创始人的请求毫不犹豫就立刻答应了。负责协助的管家希望女主能够找到一只叫布鲁的迅猛龙,声称它可能是地球上智慧水平第二高的生物,所以必须本完好无损把这种珍贵样带回来。
随后女主找到了前男友,也就是本片的男主,因为他看着布鲁从小长到大,算是布鲁的“爸爸”,于是女主希望他能够参与这次拯救行动,男主念在和女主的旧情,也希望能找到自己亲手养大的迅龙——布鲁,加入了团队。
很快,他们率领一支小分队以及其他雇佣兵踏上了拯救恐龙的征程。在恐龙们生活的岛上,男主顺利找到了布鲁,但还没来得及互相交流情感时,露出了真面目的雇佣兵冷不丁的给布鲁以及男主打上了麻醉药,原来他们的目的是抓捕恐龙用来做商业用途。雇佣兵将受了重伤的布鲁拖走,不管男主的死活,很快火山就要爆发,躺地上的男主昏迷不醒,岩浆也越来越逼近了,这时过来一只三角头食草恐龙用舌头舔醒男主,在千钧一发之际他成功躲过了岩浆,随后找到女主以及程序员,三人一起逃离即将喷发的火山,甚至差点被恐龙吃了去,最后男主凭借着飞毛腿的优势,躲过火山喷发,和坐在透明球里面的女主和程序员一起跳进海里。
他们运用智慧开车混进逃生船,躲过了一众雇佣兵的审查。画面切换,管家在和拍卖师商量着拍卖恐龙的事,让管家没想到的是,这个阴谋被创始人的孙女听了去,她赶紧将管家的阴谋告诉爷爷,结果爷爷没有太当一回事,并让她不要多想。气不过的孙女便独自一人来到管家的地下室想要寻找证据,在过程中她看到了男主训练布鲁的视频。
好巧不巧,管家和他朋友这时回来了,孙女急忙躲起来避免被发现。偷听他们谈话内容得知,原来管家是想要用布鲁的基因来加入恐龙体内,好能让恐龙生物服从布鲁的命令,而布鲁恰好是已经被人类驯服的一只。结果孙女东躲西藏不小心闯入了恐龙监狱,背对着恐龙伸出的爪子浑然不知,奇怪的是这只恐龙只是伸出爪子摸了一下孙女的头发。察觉到不对劲的孙女被吓得不轻,尖叫起来,这时管家看到了孙女出现在这里,得知真相暴露的管家很快把她软禁起来。
另一边男主和女主为了救受重伤的布鲁一命,冒着生命危险拿到了恐龙血液给布鲁输液,然而还是被雇佣兵发现并关进了一个没有安保措施的监狱。画面切换到公园创始人的房间,他得知管家的真实想法后很是生气,而已经听不进去任何意见的管家直接了结创始人的性命。接下来管家装作没事儿一样,邀请了许多上流社会的高层来参加庄园的拍卖会,这时孙女从房间逃出来,凭借敏捷的身手爬上楼顶,来到爷爷房间想要求助,却发现爷爷早已领了便当。
突然管家进来,孙女急忙躲进竖井里,但还是被管家发现她已逃跑掉。男主发现隔壁的牢房里住着一头铁头娃——冥河龙,在男主不断的挑衅下,它凭着铁一般的头将墙壁撞出大洞,男主带着女主成功从监狱逃脱,意外的遇见到创始人的孙女,由于孙女见过那个视频上的男主,在第一次见面就抱着男主哭起来。
同时,拍卖会进展已接近尾声,管家简单粗暴给在场的众人亮出一场压轴戏——本片大反派暴虐迅猛龙,在笼子里的迅猛龙勇猛好斗,而且受过特殊训练——配合激光瞄准来抓捕猎物。就在这时,本片小可爱铁头娃在男主的诱引下,来到拍卖会上大闹了一场。一阵骚乱后现场只剩下被关在笼子里的迅猛龙,爱好收集恐龙牙齿的雇佣兵便对迅猛龙射了几发麻醉针,随后进笼子正要龙口拔牙,然而让雇佣兵没想到的是迅猛龙原来在假装昏迷,很快也领了便当,迅猛龙因此逃出了牢笼。管家带着两个手下堵住了男主一行人的去路,并揭露孙女的身世秘密,原来公园创始人并没有孙女,这个小女孩实际是克隆技术制造出来的。
让大家没想到的是,这时突然冒出迅猛龙把两个手下吃掉,剩下的人见状不妙,急忙逃走。奇怪的事出现了,可怕的迅猛龙只追赶孙女,她连忙跑回自己的房间,躲在被窝里瑟瑟发抖。迅猛龙没有第一时间吃掉她,而是慢慢的伸出爪子像是要抚摸小女孩。男主和布鲁赶来现场,布鲁一声吼叫便上去和迅猛龙展开激烈的厮杀,最后布鲁和迅猛龙从玻璃房顶掉下来,由于角度问题,迅猛龙摔在三角龙的骨架把自己给戳死了。
影片的最后,地下的恐龙监狱发生氰化氢泄露,眼看着恐龙们就要被毒死,女主正要打算拯救它们,但在决定是否打开监狱大门时犹豫了,一旦按下去就意味着恐龙进入到人类世界,她不愿成为人类痛恨的罪人。结果恐龙监狱大门还是打开了,原来是孙女趁大家不注意按下了按钮,并说“我必须这么做,因为它们是活生生的性命,和我一样。”
这部电影名为什么叫侏罗纪世界,放出恐龙的这个设定恰好让观众感受到了侏罗纪世界,而不是在侏罗纪公园里观光一样,这也是和见怪不怪的“公园”主题系列不一样的地方。在电影的结尾如果不放出恐龙大概就不会有第三部了,按下按钮的不是与恐龙有深厚感情的男女主角,而是孙女。这个小女孩原来是被克隆出来的,和恐龙的遭遇是一样的。
一开始人类为了满足需求便用恐龙的基因制造出来,结果放在岛里对恐龙生物不闻不问。这个小女孩很勇敢,从小就特别热爱恐龙,在受到一连串打击后亲眼目睹恐龙吸着毒气在垂死挣扎,因为觉得它们和自己是同一类人,便毫不犹豫按下打开大门对按钮。她和恐龙一样都是人们为了自己自私的需求,违背了大自然规律而复原出来的产物,实际上这就是人类自己作下的孽,后果也必然由自己承担