2004年欧锦赛后,巴斯滕出任荷兰队主教练,此后在米兰担任政治委员的西多夫就从来没有入选过国家队,主要原因据说是巴斯滕扶持新人的政策,但更深层次的原因可能是荷兰队内的历史遗留问题白人球员和苏里南球员的矛盾。04-05赛季,西多夫在米兰表现出色,还帮助发小埃萨亚斯完成了米兰一线队出场的梦想,可惜在联赛和欧冠都只获得亚军。
在送走了自己的发小后,西多夫继续开始了新赛季的征程,那个赛季,米兰开局一般,但此后渐入佳境,此时的尤文图斯表现强势,赛季开始后9轮连胜,联赛第十轮,米兰主场迎战斑马军团,那场比赛异常火爆,西多夫在14分钟首开纪录,此后卡卡和皮尔洛得分,米兰3比1获得胜利,取得7连胜。此时,卡卡和西多夫的强势表现已经让鲁伊科斯塔渐渐沦为替补,那个赛季米兰最终落后尤文图斯三分获得亚军。
在熟悉的欧冠赛场,西多夫和米兰继续着强势的发挥,他们八分之一决赛大胜拜仁慕尼黑,四分之一决赛击败里昂杀入四强。在半决赛,米兰遇上了如日中天的巴塞罗那,此时巴萨主帅正是西多夫的老大哥里杰卡尔德,巴萨主场凭借久利的进球取得先机。在回到圣西罗后,西多夫表现出色,牢牢控制住了中场,让哈维和范博梅尔狼狈不堪。但最终却只开花不结果,0比0的比分让米兰止步半决赛。
尽管西多夫是05-06赛季米兰队中出场最多的球员之一,他也很想在30岁的年龄再次在世界杯证明自己。2006年3月,在阿尔贝蒂尼的告别赛后,西多夫和巴斯滕见了面,进行了一次对话。巴斯滕肯定了西多夫的表现,西多夫本以为进入世界杯大名单有了一线生机,但最终却没有他的名字,巴斯滕给出了理由是,西多夫在场上的表现给他感觉缺乏纪律性。但最终荷兰在八分之一决赛被葡萄牙淘汰出局,让巴斯滕略感尴尬。
所以在2006年11月,巴斯滕终于将西多夫招入国家队,参加了和英格兰队的友谊赛。此时鲁伊科斯塔已经离开米兰,西多夫接过了米兰10号球衣,又披上了荷兰队10号球衣。可谓双喜临门,那个赛季,西多夫的发挥更加游刃有余,在联赛中32场比赛打入7球。此后他也逐步成为了荷兰队的主力球员,在考库退役后,资格最老的西多夫甚至成为了荷兰队下任队长的人选之一。
但是在2007年3月,荷兰和斯洛文尼亚的欧洲杯预选赛中,范德萨伤缺,巴斯滕把队长袖标给了范德法特,结果范德法特在开场半小时也受伤下场,此时理论上西多夫是场上毫无争议的老大哥,但是巴斯滕却示意范德法特将队长袖标给了斯内德,这可把西多夫给气坏了。没过多久,西多夫就在欧冠赛场上证明了自己,在和拜仁的四分之一决赛第二回合,西多夫一脚低射攻破了卡恩把手的大门,帮助米兰晋级。
在半决赛对阵曼联的比赛中,西多夫再次在第二回合发威,攻破范德萨把手的球门,米兰主场3比0大胜,翻盘晋级决赛。这次他们的对手,又是两年前逆转击败他们的利物浦。这次米兰吸取了上次的教训,踢得更加稳健保守,九爷梅开二度,米兰2比1复仇成功,而对于西多夫来说,能在三家不同俱乐部第四次捧起欧冠冠军奖杯的感觉,真是太美好了,庆祝时,他像个孩子,抱着奖杯在球场上狂奔。那个赛季,西多夫当选欧冠最佳中场,隐藏在卡卡身后的黑西无所不能。
但是巴斯滕和西多夫的关系并没有因此有所改观,在2007年底,米兰赛程密集,要应对欧冠小组赛,联赛和世俱杯,所以西多夫向巴斯滕申请缺席和白俄罗斯队的欧洲杯预选赛,此时荷兰已经提前出线。结果荷兰1比2阴沟翻船,巴斯滕居然在赛后发布会上把责任推给了缺席的西多夫,说他应该更多考虑国家队的利益。不久后西多夫和米兰在世俱杯上夺冠,西多夫换上了lotto的全新战靴stadio vento kl,还拿到了赛事的银球奖。在回到米兰后,心情不错的西多夫想缓和一下和主帅的关系,所以请巴斯滕共进晚餐,结果巴斯滕却太过坦诚,直接说西多夫耍大牌,搞得自己和好莱坞明星一样,还说起了西多夫四年前的欧锦赛开着法拉利跑车去葡萄牙的旧事,坦言这也是自己看不惯西多夫的矛盾点。这顿饭吃得西多夫真是追悔莫及,两人的关系越闹越僵。
07-08赛季,虽然西多夫个人表现不错,但米兰在欧冠赛场早早被阿森纳淘汰,在联赛中也是状态不佳,此时离欧洲杯开赛不到三个月,西多夫已经成为荷兰队参加2008年欧锦赛大名单中的一员。3月26日,荷兰和奥地利队进行了一场友谊赛,西多夫只获得了替补出场。那场比赛荷兰3比1获得胜利,赛后记者问到巴斯滕西多夫的表现时,巴斯滕依旧轻描淡写地说了一句:他表现还不错。隐忍多时的西多夫却在不久后宣布,将退出荷兰国家队的欧锦赛大名单,算是和巴斯滕做一个彻底的了断。