1994年1月26日,深圳市足球俱乐部成立,并在同年获得第三级别联赛冠军,顺利升入甲B。1995年,深圳队获得甲B联赛冠军,并成功升入甲A。1996年,球队在实现三级跳的同时,因成绩不佳,由于同年降入甲B。可谓大喜大悲。
1997年平安保险集团全资收购深圳队,球队改名深圳平安队。并于同年获得甲B亚军,成功冲A。
2002年,球队获得了甲A联赛亚军,这是球队在甲A时代的最佳成绩。
2002年12月,健力宝集团全资收购深圳市足球俱乐部,并于2003年更名为深圳健力宝足球俱乐部。2004年联赛改制并更名为中国足球超级联赛,同年,深圳健力宝夺得联赛冠军,至此球队成为了首个中超冠军。
2005年,深圳队在亚冠联赛一举杀入四强,但半决赛两回合总比分0-6败给了阿尔艾因而无缘决赛。其后,球队因为资金紧张,经营不善,加上朱广沪被抽调国足,导致球队成绩大幅下滑。
2006年,金威啤酒冠名球队,同年撤资。2007年,球队获一家广州企业赞助,俱乐部更名为深圳香雪上清饮足球俱乐部,又于同年撤资。2008年,深圳足协托管球队。2009年,健力宝彻底撤股。
2009年,俱乐部更名为深圳市亚旅足球俱乐部,同年完成保级。2010年,俱乐部更名为深圳市红钻足球俱乐部,同年完成保级。2011年球队因战绩不佳降入中甲。
2014年7月15日,深圳红钻在主场进行的中国足协杯第三轮赛事以0-5惨败山东鲁能。队员们赛前就因被欠薪而计划放弃本场比赛,经各方一番紧急沟通后,深足队员同意参赛,但球员仍以特殊方式表达对欠薪的不满。
2016年,佳兆业集团冠名球队,队名更改为深圳佳兆业队。球队先后经历唐尧东,西多夫,埃里克森,王宝山,卡罗五位教练,并于2018年成功冲入中超。
2018年11月3日下午,2018 中甲联赛第 30 轮在深圳体育场打响。深足凭借普雷西亚多梅开二度,徐洋、奥汗德扎、李晋庆各进一球,5 比 0 击败浙江毅腾。球队在积分榜上反超浙江绿城上升至第二位,在最后时刻收获冲超名额,时隔7年重返中超联赛舞台。